虽然
赛默飞离子色谱属液相色谱的一种，但由于离子色谱与普通液相色谱在结构和分析对象上有一些区别，所以离子色谱仪独立分为一个大类。在仪器结构方面：赛默飞离子色谱和液相色谱一样，都有均有溶剂输送系统、进样系统、检测系统和信号记录和处理系统，但由于离子色谱和液相色谱所用的流动相不同，因而检测方法及信号处理也不一样，在各个部件上有一些差别，主要表现在以下三个方面。
一、赛默飞离子色谱可分为抑制型和非抑制型，采用抑制器的抑制型离子色谱目前应用广泛。液相色谱没有类似的装置。抑制器在结构上与液相色谱的柱后衍生系统相似，但抑制器是抑制型离子色谱*组件之一。非抑制型离子色谱不用抑制器，与液相色谱十分相似，一些非抑制型离子色谱有时可以采用液相色谱的泵、流路和进样阀。
二、检测器是赛默飞离子色谱与液相色谱的又一主要差别。液相色谱常采用紫外-可见光度检测器；而离子色谱通用的是电导检测器。
三、赛默飞离子色谱一般采用酸、碱及盐的水溶液作为流动相，要求系统可以耐酸、耐碱，因此通常离子色谱装置采用非金属材质。例如：采用聚醚醚酮（PEEK）塑料作为泵体、流路和阀体等要求耐高压的部分，而以聚四氟乙烯或PEEK材料作为检测器，外接管路等。由于加工和强度方面的差异，一般情况下全塑的材料在耐压强度和精度上比金属材料要略低一些。
液相色谱一般采用有机溶剂作淋洗液，因此多数采用金属泵体，可以耐任何类型的有机溶剂，但对于酸或碱性流动相，易产生腐蚀现象。随着液相色谱在生物领域的广泛应用，为了避免金属对一些生物活性物质的吸附作用，一些在生物方面应用的液相色谱仪器也采用PEEK材料作为泵体、流路和阀。在这一方面，赛默飞离子色谱和液相色谱具有了一定的通用性。
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