离子色谱柱是离子色谱仪的核心部件之一，样品中各种离子的分离均在色谱柱中完成，并且一般比常规液相色谱柱价格要贵很多。因此，对离子色谱柱的维护保养十分重要。
离子色谱柱是液相色谱的一种，故又称离子色谱（HPIC）或现代离子色谱，离子色谱仪作为一种常规分析的仪器，已在许多部门使用。根据测定对象的不同，仪器可以有多种配置。现代分析仪器的制造愈来愈精密，要延长仪器的使用寿命，平时对仪器的精心维护是的。
离子色谱柱在一定压力、流速条件下运行。仪器使用时一定要先检查整个流动管路中是否有气泡，如果有，需要先将气泡排除后再将色谱柱接上，防止将气泡带到色谱柱中。因为色谱柱中装填的树脂颗粒很小，气泡进入后将影响树脂和样品中离子的交换，同时气泡也将影响基线的稳定性。将影响基线的稳定性。
离子色谱柱的选择
1、样品是极性的且弱酸性的就可以选择C18在100%酸性水溶液条件下检测，即要选择承受100%纯水且对极性化合物保留很好的色谱柱
2、如果样品极性太强，或酸性太强；可以选择CN，NH2，或硅胶柱，HILIC（亲水色谱），也有使用C18+强阴离子对试剂或强阴离子交换色谱柱。缺点是离子对试剂平衡时间长，对流动相pH要求比较精密，否则很难重复实验，另外离子对试剂很难洗下来，基本上用了离子对的色谱柱就不能再用于其它实验。
3、若样品是碱性的可选择高纯硅胶柱（高纯硅胶缺少金属杂质，且硅胶端基封尾）或一些经过修饰的C18柱（如极性嵌入技术或碱去活技术等），他们都会减少碱性化合物的拖尾，一般会选择中性或偏碱的条件下做，因为这样可增加碱性样品的保留。
4、如果碱性化合物的极性太强，或碱性太强；可以选择宽pH的C18色谱柱在高pH值检测，优点是方法开发简单，缺点是目前实现这一技术的色谱柱品牌比较少，价格也高。或者选用HILIC色谱柱（硅胶柱在反相条件下使用，这也是很经典的检测碱性样品的方法）选择强离子交换柱。缺点是不能用来分析其它样品，对流动相pH要求比较精密，否则很难重复实验。也有使用C18+强阴离子对试剂或强阴离子交换色谱柱。
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